Böyrək transplantasiyası qərargahında iki növ böyrək münaqişəsi var: Hüceyrə münaqişəsi: Resipientdəki immun sistemi köçürülmüş hüceyrənin hüceyrələrini maneə törədir. Bu, köçürülmüş bitkiyə zərər verə bilər və ya hətta onu rədd etməsinə səbəb ola bilər. Antikor qarşıdurması: Resipiyentdəki antikorlar transplantasiya edilmiş orqanizmdə resipientə qarşı uyğun olmayan qabiliyyətlərə reaksiya verə bilər və bununla da zərər və rədd cavabı verə bilər. Böyrək transplantasiyası resipiyent və donorun genetik uyğunluğundan və resipientin immun sisteminin donorun böyrəyini tanıyıb qəbul etməyə hazır olub-olmamasından asılıdır. Bəzi hallarda resipientə immunosupressiv müalicələr təyin edilir və ya digər müalicələr həyata keçirilir. Milli münaqişənin müalicəsi çox ciddi və birbaşa monitorinq və tibbi müalicə tələb edir. Qəbuledici və ötürücü arasında daha yaxşı uyğunlaşma mümkün olarsa, bu, münaqişə riskini azalda bilər. Böyrək transplantasiyası prosedurundan sonra resipiyentlərin qəbul edilən böyrəklərə qulluq və müalicəyə diqqət yetirmələri vacibdir.
